Történetünk egy Auszráliai esőerdő közepén játszódik Ferngully-ban, ahol a tündérek népesítik be a természetet. Az ott élők úgy tartják, hogy az emberek elmenekültek már, réges-régen amikor a gonosz Hexxus majdnem lerombolta az erdőt, de szerencsére sikerült egy varázslattal egy fába zárniuk. A főhősünk Crysta, a kíváncsi tündérlány azonban felfedezi az emberek világát, akik kiszabadítják rabságából a gonoszt. Így Crysta és újdonsült ember barátjára Zak-re hárul a feladat, hogy megállítsák Hexxus bosszúját.